Kwestie podatkowe, w najbardziej widoczny sposób różnicują IKE i IKZE. W przypadku IKE mamy do czynienia z preferencjami podatkowymi na wyjściu (brak podatku dochodowego od wypłaty), a w przypadku IKZE - na wejściu (odliczenie wpłacanych na IKZE środków od podstawy opodatkowania).

Podstawową korzyścią z gromadzenia oszczędności na IKE jest zwolnienie zysków przynoszonych przez te oszczędności z podatku dochodowego od osób fizycznych (z tzw. „podatku Belki"). Oznacza to, iż gromadząc środki na IKE  nie zapłacimy podatku od zysków z obrotu akcjami, jak również dywidendy i odsetki od obligacji wpłyną na nasz rachunek w pełnej wysokości.

Warunkiem pełnego skorzystania z ulg jest utrzymanie środków na IKE/IKZE aż do czasu przejścia na emeryturę. Przed tym momentem środki mogą być transferowane bez podatku jedynie z konta IKE na inne konto IKE, z IKZE na IKZE lub z IKE do programu emerytalnego (nie jest możliwy transfer z IKZE do programu emerytalnego). W każdej chwili możliwe jest wypowiedzenie umowy o prowadzenie IKE lub IKZE, ale wówczas od wypłacanych środków zostanie naliczony i potrącony należny podatek (w przypadku IKE - "podatek Belki", ale tylko od osiągniętego zysku; w przypadku IKZE - podatek dochodowy).

Główne różnice dotyczą preferencji podatkowych i sposobu oraz momentu naliczania podatku. Wpłaty na IKZE można będzie odliczyć od podstawy opodatkowania (ale w przyszłości trzeba będzie zapłącić podatek dochodowy - i nieważne kiedy wycofamy środki, czy na emeryturze, czy przed). W przypadku IKE kwestia podatku dochodowego nie pojawia się nigdy (ale nie mamy ulgi podatkowej w PDoOF).